A comienzos de 2005, el Gobierno Vasco concede credibilidad a la propuesta de Batasuna en Anoeta. Días después, Ibarretxe invitaría al Gobierno socialista y a Batasuna a que aclaren si existe alguna posibilidad de acuerdo sobre un proceso de paz y les pide que no creen falsas expectativas.
En mayo de ese mismo año, el Lehendakari recibe a Arnaldo Otegi y Pernando Barrena, de Batasuna, quienes abogada por "un proceso sin exclusión ideológica ni territorial" que englobe a Navarra. Un mes después, en el pleno de investidura, propone una mesa de partidos con presencia de Batasuna. EHAK ofrece dos votos en apoyo a Ibarretxe que, al día siguiente, hacen posible su investidura.
La propuesta del Gobierno vasco se encontraría con el rechazo del PSE y del PP, que se niegan a formar parte de una mesa de partidos con Batasuna. Los socialistas exigen una condena de la violencia o la desaparición de ETA.
Durante el verano, Juan José Ibarretxe declara a Deia que el Gobierno Vasco y el PSOE están dialogando con Batasuna. A través de un portavoz, Zapatero niega "rotundamente" que exista una negociación con Batasuna. El PP exige a los socialistas que salgan del "no sabe no contesta" acerca de los contactos. Rafa Díez, secretario general de LAB, afirma que si el Gobierno gestiona "adecuadamente" la resolución del Congreso, ETA podría dar pasos "progresivos y recíprocos". La prensa publica que los Gobiernos central y vasco avanzan hacia un acuerdo en el procedimiento para lograr el fin dialogado de ETA. Ramón Jáuregui dice que el proceso se caracteriza por la "violencia contenida" de ETA.
En febrero de 2006 el pleno del Parlamento Vasco aprueba una resolución en la que insta al gobierno autonómico a poner las bases para "una paz sin vencedores ni vencidos", con los votos del PNV, Ezker Batua y Aralar, la abstención del PSE-EE y de EA, y el rechazo del PP. El texto insta al Gobierno de Vitoria a "trabajar por la solución dialogada de la situación de conflicto y violencia de nuestro país, así como a reconocer y reparar todo el sufrimiento que ha derivado de esta situación".
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